Замени нужные иконки из нумикса, теми что у тебя сейчас

Как заменить?

Берёшь и копируешь файлы

Проблема в том, что я не могу найти какие нужно заменять, вообще не понятно где, что лежит в элементари

Если про значки трея и прочие индикаторы, то они находятся чаще всего в каталогах status внутри каталога с темой.

Ещё возможно, что в index.theme указаны резервные inherits темы и значки берутся оттуда.

Почитай вот эту ссылку

http://compizomania.blogspot.com/2015/04/elementary-os-03.html

Вкратце дело в том что надо установить TWEAKS который у тебя появится в «параметрах системы» (рядом с иконкой настройки языков)

TWEAKS позволяет изменять внешний вид