Полностью применить тему

Pcmanfm у меня тоже корявил с темной темой (Delorean Dark). Может переключиться позже, по-моему, после обновления окошка (каталог сменить, или обновить содержимое текущего, точно уже не помню). Если с другой темой то же самое - значит, это его баг.

У меня для применения темной темы в PCManFM требовалось его просто перезапустить.

Блин, тут дело похоже в другом. Я до этого устанавливал тему иконок для него отдельно, а после установки общей темы она не сменилась. Может в этом проблема? И блин не могу вспомнить, как это сделал.

«Общей темы» - это какой? Имеешь ввиду устновку темы в lxappearance?

Конфиги PCManFM лежат в ~/.config/pcmanfm/default и ~/.config/pcmanfm/LXDE. Можешь попробовать снести их, имеющиеся настройки собьются и при запуске новой сессии, создадутся новые конфиги с параметрами по умолчанию. Там и настроишь уже в lxappearance внешний вид для всех GTK-приложений, включая PCManFM.

Ещё советую в ~/.config/lxsession/LXDE/desktop.conf глянуть, одно время был в LXDE баг, lxappearance туда изменения не вносила.

Удалил конфиги (хотя я их редактором когда посмотрел, не нашёл там строк про тему, вообще там мало настроек), обои сбросились и положение иконок. Тема для GTK в настройках lxappearance осталась выбранная моя, но я повторно сменил её и установил. В PCManFM опять осталась убогая менюшка с отвратным шрифтом и фон.

~/.config/lxsession/LXDE/desktop.conf глянул, тема там прописана...