Третий лишний?

В чём смысл вопроса? В том, что в xorg.conf нет конфигурации для карты Intel?

Так тут есть два нюанса, во-первых при установке дискретной карты Nvidia интегрированная в процессор карта Intel может быть отключается BIOS`ом, но тут вам нужно читать документацию по вашей материнской плате и изучать опции в BIOS. Во-вторых ввиду того, что драйвер Intel открытый, а драйвер Nvidia закрытый, то они используют разные реализации некоторых библиотек, в частности LibGL, первый использует библиотеку из соства Mesa, а второй из своей поставки, как следствие в одном xorg-server нельзя использовать открытый и закрытый драйвер ввиду того, что должна использоваться одна LibGL для обоих драйверов. Правда здесь есть нюанс, в одной из версий драйвера Nvidia была добавлена возможность переключения на дискретную карту Nvidia средствами xrandr при технологии Nvidia Optimus, почитайте более детально документацию по драйверу Nvidia, возможно можно «завести». Ну или вам придётся использовать для карты Nvidia драйвер xf86-video-nouveau, а для карты Intel - xf86-video-intel, в таком случае, если при установке дискретной карты интегрированная карта не отключается вы сможете получить доступ в одном xorg-server к обоим картам. Если при автогенерции конфигурационного файла xorg.conf средствами 'X -configre' не будет создана конфигурация для карты Intel, то вы можете попробовать добавить её в ручную, создав необходимые секции в конфигурационном файле.

Удачи.

Загружается компьютер три монитора включены по питанию. До startx показывает монитор который на интегрированном vga, после startx зажигаются мониторы, которые на внешней карте, а на интегрированном застывает курсор. Я думаю, что проблема в том что Xorg -configure определил device с одним BusId.

Как я понимаю работают обе карты, в bios выставлен параметр использовать внешняя+внутренняя карта.