Вот тут везде рекомендуют делать в два этапа:
1) сначала использовать команду
vmware-vdiskmanager -r sourceDisk.vmdk -t 0 targetDisk.vmdk
чтобы собрать много файлов в один
2) потом использовать команду
kvm-img convert -O qcow2 src.vmdk dst.qcow2
Внимание вопрос: а нельзя ли это сделать в одну команду при помощи kvm-img?
что будет, если сделать так:
kvm-img convert -O qcow2 src*.vmdk dst.qcow2