На уровену запуска 3-сы стартуют командой startx нормально, но при установке уровня запуска 5 запуск сервера автоматически не проходит, приходится его стартовать руками. В чем проблема может то быть? Спасибо.
Тогда смотрите, что именно запускаться должно в Вашем дистрибутиве в inittab. В RedHat, к примеру, это /etc/X11/prefdm, который на основании содержимого /etc/sysconfig/desktop, запускает конкретный display manager.
В логах, опять же, должно было что-нибудь отложиться.