удаленный запуск программ

Telnet?

putty

+ nohup в шелле

или + screen

а по точнее если можно. Потому как задача именно в том чтобы это происходило интерактивно, т.е. сервер под виндами запустил некий скрипт а он в свою очередь выполнил скрипт на Linux сервере ....

Качаешь ssh под винду:
http://heanet.dl.sourceforge.net/sourceforge/sshwindows/setupssh381-20040709.zip
Дальше как обычно:
Авторизация по ключу
ssh -l user server 'command param1 param2 ...'