Предположение

Похоже на расширенные аттрибуты файлов, возможно, ACL. Видел плюс в этой позиции, точку - никогда.

Прочитать аттрибуты можно getfattr. Установить, соответственно, - setfattr. Для ACL есть getfacl/setfacl.

Выводы команды getfacl для обоих массивов одинаковы

А getfattr [--dump]?

Похоже как-то связано с SELinux https://fedoraproject.org/wiki/Fedora_11_FAQ#Why_does_ls_show_a_dot_.28..29_o...

Why does ls show a dot (.) or a plus (+) at the end on the file modes for some files?

Example,

-rw-r--r--. 1 root root 1626054 Apr 20 15:44 System.map-2.6.29.1-102.fc11.x86_64 -rw-r--r-- 1 root root 1626169 Apr 24 11:08 System.map-2.6.29.1-111.fc11.x86_64

It is a new feature introduced in the latest version of coreutils included in Fedora 11. The info page on ls (# info ls) has the answer

Following the file mode bits is a single character that specifies whether an alternate access method such as an access control list applies to the file. When the character following the file mode bits is a space, there is no alternate access method. When it is a printing character, then there is such a method.

GNU `ls' uses a `.' character to indicate a file with an SELinux security context, but no other alternate access method.

A file with any other combination of alternate access methods is marked with a `+' character.

Вот только как от этого избавится...

Попробуй ls -laZ

и да, тебе тоже про SELinux выше написали. Если не умеешь его настраивать, то лучше отключить. В 90% случаев проблемы с ограничением на чтение/запись - неправильно настроенный SELinux.