Cron и куча правил...

Мне понравилась идея из дистрибутива (у меня Black Cat Linux). Там
написан скриптик, который ест имя каталога и запускает все, что в этом
каталоге лежит. А лежат там символьные линки на то, что нужно
запустить. Крон запускает именно этот скриптик, а дальше...

Упрощенный вариант примерно таков: (полный называется /usr/bin/run-parts)
#!/bin/bash
if [$# < 1]; then
echo "Usage: run-parts <directory>"
exit 1
fi
directory=$1
[-d $directory]||exit 2
for i in $directory/*; do
[-x $i] && $i
done

Как я понял, ты хочешь запустить 2 проги в одно и тоже время?
Если так, то 0 0 * * * /usr/bin/prog1 ; /usr/local/bin/prog2
Вот две проги в полночь