Долгий коннект к Mysql серверу с Linux клиентов

tcpdump

скорее всего, для линуксоаых, он не может разрезолвить их адрес. Эта опция отключена?

dns проверь

skip-name-resolve

так по ip везде подключение

сервер резолвит клиента.

resolve это не только туда, но и обратно :)

как уже выше написали, добавь в /etc/mysql/my.cnf (или на centos /etc/my.cnf) строку
skip-name-resolve

Да, спасибо, это помогло.