apache + user permission

Как apache создаст файл? Смотрите на настройки конкретных модулей.

В частности mod_php

man umask

gid и uid вряд ли, это только root может.

Да, uid/gid выставляются средствами ФС. Я не нашёл возможности преконфигурировать umask у php. Придётся явно выставлять из скрипта. Либо, если права для всех вновь созданных файлов одинаковы, также можно воспользоваться mount -o umask=...

Решил костылями в кроне..