система учета траффика под Linux

ну самописная програмулина которая работает с iptables :)

http://stc.driver-vrn.ru/

Можно для этих целей MRTG использовать. Он и к сквиду прикручивается. Я модифицировал MRTG так, чтобы трафик в базу складывался, откуда строятся всевозможные репорты. MRTG для этих целей достаточно простая и понятная штука.

Ещё один путь - использовать trafd.

Точняк. Лучше самому написать ;)