1) Net-acct нормально считает обычные сетки, в сочетании с перловским tmeter выдает точную информацию, недостаток в том что не считает виртуальные сетки.
2) Сиистема Ta billing, http://traflinux.sourceforge.net, позволяет считать трафик не только с локальной машины, но и с удаленных маршрутизаторов
3) iptraf - считает трафик как в нормальных, так и в виртуальных сетях, но нужно самому дописывать софт для того чтобы парсить логи.
можно использовать ulog-acctd + скрипт уоторый все это пихает в базу, а потом любую статистику можно генерить. Если просто нужно знать кто куда и сколько то достаточно на перле написать парсер.