ssh public key fingerprint считается через md5?

Взято отсюда http://www.ietf.org/rfc/rfc4716.txt:

The fingerprint of a public key consists of the output of the MD5
message-digest algorithm [RFC1321]. The input to the algorithm is
the public key data as specified by [RFC4253]. (This is the same
data that is base64 encoded to form the body of the public key file.)

Лор не без добрых людей, всегда кто-то да прочитает RFC вместо тебя...