[powerdns] Откуда берутся адреса корневых серверов?

Ступил.

с любого доступного dns сервера :)

разумеется если тот dns сервер или вышестоящие должен знать про корневые сервера

Я всё-таки ставлю на /etc/bind/db.root. Зоны pdns берет из конфигов бинда, надеюсь корни оттуда же. Завтра проверю.

#################################
# hint-file     If set, load root hints from this file
#
hint-file=/usr/local/etc/pdns/root.zone

из конфига.