пропустить через socks абсолютно все соединения

tsocks.

используется pppd

Прекрасно, но оно тут ни при чём.

>используется pppd

Если у вас vpn, то соединения должны устанавливаться с ним с помощью таблицы маршрутизации.

как пропустить через socks

Без шаманства в ядре или libc - никак. Программа должна предварительно задекларировать socks-серверу куда она хочет подключиться, то есть должна содержать поддержку socks.

Никогда таким не занимался, но я бы смотрел в сторону proxychains и iptables

tsocks не умеет делать BIND.

dante?