Обновление базы PasgreSQL

This is the expected behavior. 8.3 to 8.4 *is* a major release upgrade for postgresql --- that's just how that project numbers their releases. What you need to do to update your data is pg_dumpall in the old installation and load the data into the new one. It's not something that's easily solved at the packaging level, unfortunately.

Так что теперь делать, поставить 8.3, сделать дамп и выгрузить его в 8.4?

думаю, это будет проще всего

старый постгресс для fedora можно взять в pgdg