умер сервер

Скопировать все файлы будет достаточно. Единственное ограничение - на новом сервере версия MySQL должна быть не старее, чем на старом. Но более правильно, наверное, будет так:
1. развернуть в виртуальной машине тот же дистрибутив что был на старом сервере
2. скопировать туда файлы
3. сделать дамп базы
4. восстановить базу из дампа на новом сервере

> На старом кажется было mysql 4.1, на новом 5.1.41...

существует специальный скрипт для таких случаев, зовется mysql_upgrade

Спасибо большое! Помогло, правда не до конца. У меня пару сайтов на wikimedia и битриксе.. Тык вот дб вики восстановилась нормально а битрикса не очень... в нем не все страницы доступны..

техподдержка 1С должна помочь.