Похоже, что amavisd-new не видит конфигурацию SA.
Прописал простое собственное правило в конфигурацию SA. Взял тестовое письмо и скормил его утилите spamassassin - флаг, соответствующий фильтру в конфигурации появился. А когда посылаю письмо на сервер - фиг.
И чисто субъективно, bayes-базе скормлено немерено писем, а он всё равно пропускает откровенный спам с большими цветными таблицами и прочим.
Даже не знаю, что из конфигурации показать.