/etc/rc.d/init.d/

Добавлять нужно не только в /etc/rc.d/init.d, а ещё и в /etc/rc.d/rcX.d Посмотри, какой у тебя ранлэвэл загружается в /etc/inittab. Если 3-ий, то добавь в /etc/rc3.d. Ну и соответственно в 0-ой и 6-ой ранлэвэлы нуна вписать, чтобы килились номано. Вот и всё........

Загляни в искодники samba. Где-то в области packaging/RedHat есть готовый пример shell-скрипта для запуска samba (smb.init). Копируешь его /etc/rc.d/init.d и даёшь команду `chkconfig --add smb.init`. Всё.