.....

1) Запускаешь прокси и ставишь в браузере для ftp адрес и порт прокси 2) Попробуй перенаправить запросы с 21 порта на 3128 (как при прозрачном кэшировании HTTP) (маршрутизатор, iptables)

бред вы говорите, батенька... во-первых сквид прозрачно не проксирует фтп. во-вторых, для работы по фтп достаточно, чтобы клиен умел работать с http-прокси и понимал пассивный режим, для этого нужно воткнуть галку в эксплорере "использовать фпт, основанный на веб". вот еще примерчик нарулился хороший: http://squid.opennet.ru/examples/wc.shtml

загляни сюда, если нужно FTP прозрачто через squid
http://frox.sourceforge.net/