Хочу выключать систему при перегреве винчестера

bash + hddtemp + halt + sudo
Ну и всякие grep, sed, awk по вкусу.

lm_sensor -> alarm hdd -> sound -> звуковое реле -> автомат выключения питания компа

Тогда уж термореле.

лучше бы в причине перегрева разобрались...

Вроде smartd сам умеет запускать скрипт, (опция -M), и ему можно указать при какой температуре нужно писать логи, то есть для температуры 50 градусов:

smartd -m '<nomailer>' -M exec /usr/local/sbin/smartexec.sh -W 0,50,55

А в файле /usr/local/sbin/smartexec.sh пишем башизм:

#!/bin/bash

 if [[ "$SMARTD_MESSAGE" == *emperature* ]] ; then
     wall 'HDD overheat. Shutdown'
     shutdown -h -t 15
 fi
 

P.S. Скрипт не проверял. Относительно винды идите на винфак.

#!/bin/sh

TEMP_CRIT=50; #предельная температура
POLLING_TIMEOUT="5s"; #интервал проверки
DEVICE="/dev/sda" #устройство

# проверка прав
if [ ! $UID == "0" ]; then
	echo "You must be root to run this!";
	exit 1;
fi

# наш PID
echo "Starting with PID" `pidof sh $0`;

# получаем температуру
TEMP=`hddtemp -n $DEVICE`;

# гоняем по кругу, пока температура не достигнет предельно-допустимой
while (($TEMP <= $TEMP_CRIT)); do
	TEMP=`hddtemp -n $DEVICE`;
	sleep $POLLING_TIMEOUT;
done

echo "Critical HDD temperature! System will be shutdown.";

# выключаем машину
poweroff

Несложный вариант для одного диска.

> лучше бы в причине перегрева разобрались...

Причина известна: ненадёжный и слабый кондиционер с замерзающим зимой сливом и спонтанные кратковременные выключения электричества. А работать должно 24/7...

А работать должно 24/7...

если оно периодически отключается от перегрева то это уже не 24/7 :)