ATX???

Не спец я по FreeBSD, но одно скажу точно - есть машины, у которых BIOS поддерживает как APM, так и ACPI (большинство), а есть такие, которые только ACPI поддерживают. В последнем случае, если нет у Вас в ядре ACPI-драйверов, то и не выключите Вы машину (разве что руками). Поэтому, выясняем насчёт BIOS, и компилим ядро, выбросив оттуда APM и воткнув ACPI, например.