mysql> grant all on mysql to root identified by 'password'; ERROR 1290 (HY000): The MySQL server is running with the --skip-grant-tables option so it cannot execute this statement получилось так, что удалил рута, а создав забыл гранты раздать вовремя, вот теперь mysql_install_db создал рута, но доступа у него никуда нет.