Как вы хотите его использовать? Вроде бы он использовался модулем PAM, потому нужно подправить соответсвующий pam.d файл (чтобы он вызывал pam_chroot.so)...
Вот вот, это конфиг модуля pam_chroot.
Пример настройки присутствует в самом файле, лучше собирать с поддержкой регулярных выражений и прописывать логины с применением регекспов.
Если регексп не сработает - пользователь помещенный в chroot просто не попадет в него. Получит доступ обычного пользователя не помещенного в chroot.