У MySQL обычно есть файл /etc/my.cnf, если в нем в секции [mysqld] написать к примеру
character-set-dir=/usr/share/mysql/charsets
default-character-set=koi8_ru
то он полагает что базы хранят инфу в кодировке koi8r и соответственно выдает информацию, примерно тоже самое можно написать в сенкции [mysql-client] тады он будет воспринимать клиентские запросы исходя из описанной кодировки и соответсвенно обрабатывать их.