Копирование файлов и папок

Написать простой shell-скрипт и засунуть его в crond:
-------- cut -------
#!/bin/bash
cp -rf /path/to/new/dir/* /path/to/old_backup/dir
-------- cut -------
На счет crond - читай man своего дистрибутива (между разными дистр. могут быть различия), а если совсем плохо - поставь webmin :-)

А ещё -u чтоб копировал только то что новее чем в бекапе...