Самый простой вариант: вынести ядро и initrd с поддержкой raid5 и автоопределением оного за пределы рейда, например на отдельный носитель. Или же строго по аналогии с raid1 - в начале каждого диска оставить место и зафигачить туда копии /boot, что является частным случаем вышеописанного.
Если же делать RAID так как это делают контроллеры - целиком из диска, без партишионинга, то никак иначе и не выйдет.