Обновился я в очередной раз обновил debian через apt upgrade. После чего отвалились все GRE туннели через ipv6.
Проблемы начались ещё после того, как я обновил alpine linux на одной из своих VPS, после чего не смог к ней подключится через внутренние ip адреса. Тогда я сразу создал багрепорт, в котором указал на проблему.
Теперь проблема перешла в debian 13 и 12. Судя по последниму сообщению, проблема была устранена в ядре 6.12.21+.