Вопрос про perl и bash

может проще через командную строку? 

system("bash script.sh param1 param2");

если сильно хочется через окружение, то сделать это можно вот так:

{
    local $ENV{"VAR1"} = "value1";
    system("bash script.sh");
}

Можно вывести на stdout команды bash_a (var1=1; var2=2; ...) и выполнить их в исх. скрипте.

eval `/path/to/script.pl`

$ cat script.sh

#! /bin/sh

A=1
echo "before : A=$A"
eval `./script.pl`
echo "after  : A=$A"
#--------------------

$ cat script.pl

#! /usr/bin/perl

print "A=2";
#--------------------

$ chmod +x script.sh script.pl
$ ./script.sh
before : A=1
after  : A=2