Как управлять метрикой сетевых интерфейсов?

метрики у протоколов нет :)
пиши статичные правила роутинга.

метрика… для ipv4 и ipv6?

Это конечно не метрика, но gai.conf позволит настроить то, что тебе надо.

Как сделать replace такому маршруту? default nhid * via * dev br0 proto ra metric 1024 expires 1406sec pref medium

Метрика «сетевого подключения» задаётся в его настройках. В systemd-networkd это настройки в /etc/systemd/network/xxx.network (man systemd.network):

• RouteMetric в секции [Address] (задаёт метрику directly connected маршрута)
• Metric в секции [Route] (задаёт метрику статического маршрута)
• RouteMetric в секции [DHCPv4] (задаёт метрику дефолтного маршрута, полученного по DHCPv4)
• RouteMetric в секции [DHCPPrefixDelegation] (задаёт метрику маршрута к делегированной продсети, т.е. в локалку)
• RouteMetric в секции [IPv6AcceptRA] (задаёт метрику маршрутов, полученных в router advertisements)
• RouteMetric в секции [IPv6Prefix] (задаёт метрику directly connected маршрута для IPv6)

В NetworkManager это настройки профиля подключения nmcli c show xxx (man nm-settings):

• ipv4.route-metric (задаёт метрику для IPv4 маршрутов, добавляемых при подъёме подключения)
• ipv6.route-metric (задаёт метрику для IPv6 маршрутов, добавляемых при подъёме подключения)

Если туннели поднимаются с помощью systemd-networkd или NetworkManager, то у них настройки те же. Если туннели поднимаешь чем-то другим (ручной openvpn, wireguard, etc.), то там разножопица. Но зачем поднимать туннели вручную, если NetworkManager умеет поднимать туннели?

$ ifmetric
Usage: ifmetric <iface> [metric]

ifmetric is a tool for setting the metrics of all IPv4 routes
attached to a given network interface at once.

<iface> The interface
<metric> The new metric (default: 0)

$ equery b `which ifmetric`
* Searching for /usr/sbin/ifmetric ...
net-analyzer/ifmetric-0.3-r4 (/usr/sbin/ifmetric)

Это не работает с ipv6

это работает по интерфейсу, а не протоколу,
если не работает - пишите (пусть кто-то другой) пишет багрепорты соответственно.