Quota per directory

это просто для локального пользователя или для samba/ftp/www ?

Если быть точным - для MySQL-квот :) Сам мускуль вроде не может лимитировать размер по базам (я, увы, такой инфы не нашел) и пока единственное, что вижу в качестве решения - скрипт, но это не самое оптимальное решение по ряду причин... :(

а квота для группы не подойдет? каждую директорию отнести к определенной группе

Так ведь запись идет от пользователя mysql И группа у него соответствующая. Или делать пользователя mysql членом груп пользователей?