suexec cgi&php apache

> как заставить апач запускать cgi-скрипты (perl)

Ну так ты доку по suexec почитай на офсайте - там всё написано.

> и php

А с этим - сложнее. perl-скрипты выполняются как cgi, а php - апачевский модуль и на изменение прав не рассчитан. Есть 2 выхода: а) использовать php как cgi(лучше, конечно, как fastcgi), или ставить suphp. И в том и в другом случае будет использовать CGI-версия php.

еще можно настроить sudo , чтоб юзер апач мог запускать необходимые веши из под рута