SMTP я вообще не слышал, чтобы гоняли через какой-нибудь прокси.
Если тебе нужен редиректер в приватные сети/из приватных сетей --
ставь прозрачный sendmail.
Насчет pop3: это уже можно точно, но я это не пробовал. Довольно
мало клайентов с ним работает (я знаю только The Bat!, да и то
ему надо дурные настройки руками, а не мышкой прописывать).
Попробуй в сквид дописать в список Safe_ports еще и 110 порт.
Если не получится -- попробуй соксы. Если опять-таки не получится --
звыняй.
А ftp из-под сквида работает точно. Причем с дефолтовыми
настройками. Вот щас проверил. Но если ты уже успел ручками
пошурудить сквид.конф, то, опять же, смотри в список Safe_ports.