Проблема вполне разрешима. Я разрешил ее так:
На шлюзовом Линухе я запустил xntpd (можно ntpd), в /etc/ntp.conf прописал тайм-сервер от которого синхронизируюсь, а на всех Линуховых серверах внутренней сети по крону, раз в час пускаю ntpdate <адрес шлюзовой машины>.
А вот с W2000 проблема - Microsoft поставляет сервис W32Time, который использует SNTP протокол, и по которому он отказывается синхронизироватьбся с Линуховым тайм-демонами (ntpd реализует NTP v.4, а xntpd NTP v.3 протокол), можно сделать так, - существует фриварный NTP-сервис для NT/W2000, можно поставить на W2000 его, он работает по NTP v.3 и синхронизует время с Линуксом. Так я и сделал, все ОК.
Затык только с кластером под W2000, W32Time сервис на нем нельзя подменить на NTP и его никак не удается синхронизовать с Линукс.
Может кто подскажет как заставить W32Time под W2000 синхронизировать с тайм-сервером под Линукс?