способ номер раз:
в cgi-bin вместо php-cgi класть шеловский скрипт, примерно такой:
#!/bin/sh
PHPRC=path_to_directory_with_php.ini /path_to_php-cgi
способ номер два:
в апаче:
setEnv PHPRC path_to_directory_with_php.ini
правда если используется suexec, то нужно подхачить suexec.h на предмет пропускания переменной PHPRC и пересобрать