Запуск fsck крайне НЕ рекомендуется выполнять для смонтированных разделов (см. man).
Сугубое ИМХО: При перезагрузке (если было некорректное выключение или достигнут maximal mount count) fsck запустится автоматом, причем безопасно. Так что особо напрягаться не стоит, лучше грамотно продумать стратегию бэкапов.