проблема при обновлении nginx

Попробуй посмотреть чем эти процессы заняты.

Глянь логи и чем процессы заняты.

я дня 2-3 назад обновил nginx, но предварительно вырубив его
обновлял при помощи rpm.
проблем не возникло.

иногда если обновить nginx

именно после обновлений проблема ?
если есть возможность, просто так стопани и посмотри.

Кстати, в список его фич входит обновление бинарника без даунтайма сайтов.

Либо вы используете nfs, чего делать с nginx'ом категорически нельзя, либо сторонние модули.