Так вы ещё и не-LTS Ubuntu поставили?! Ваша компетентность вызывает всё больше вопросов.
Это с каких пор 12.04 не LTS? Сейчас к тебе все твои вопросы вернутся.
Во-вторых, если в Ubuntu хоть немного следуют гайдам Debian (что весьма вероятно), названия пакетов с библиотеками включают в себя версию ABI, и потому нельзя просто обновить какой-то пакет и сломать тем самым связанное ПО.
Я уже приводил в пример апач, в котором минорное обновление сломало ABI-совместимость http://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=30628
В-третьих, как раз в FreeBSD с этим очень плохо: исправление уязвимости чего-нибудь, поставленного из портов, заставит поставить новую версию как порта, так и, возможно, целой кучи связанных компонентов, что имеет сильно отличную от нуля вероятность всё сломать.
Однако, этого ни разу не произошло у меня. Дай пруфы, что ли.