WnckScreen *screen=wnck_screen_get_default();
GList *windows_list=wnck_screen_get_windows(screen);

В итоге windows_list == NULL. В чем может быть проблема?

Собственно, умеет ли крыса сама раскидывать открываемые окна по столам? Например, clementine всегда запускается на третьем, eclipse на втором и т.д.