Сейчас всплыли подводные камни при прикручивании eCryptFS к WebDAV-ресурсу. Пришлось написать пошаговый мануал.

WebDAV + eCryptFS — LOR wiki

В целом - всё работает с яндекс.диском. Но лучше использовать что-то забугорное или не связанное с фсбкгб, ибо шифрованные имена файлов привлекают лишнее внимание. Или tahoe-lafs.