Программы X сервера на сайте

Пользовал предка вот этого: https://github.com/GothAck/javascript-x-server но забил и собрал свое.

npm install

убивать

Я не нашел оригинал, все сейчас на ноде. enjoy your web.

было какое-то web vnc

Гугли Gtk broadway https://developer.gnome.org/gtk3/stable/gtk-broadway.html

https://www.rollapp.com

А чего ты ожидал?

Тут от деталей зависит - чего ты хочешь. Можно попробовать связку x11-vnc с чем-нибудь вроде https://github.com/novnc/noVNC

Реализацию собственно протокола X11 на JavaScript-е я бы не стал искать...

Посмотри как сделано в Docker-изованных графических приложениях. Например
https://hub.docker.com/r/jlesage/filezilla/ . Там после запуска контейнера на порту http://localhost:5800 висит novnc с 1 приложением ( в данном случае Filezilla).