Веселая задачка по php

создаешь 2 коннекшна к этим базам, к примеру $db1 и $db2

$db1->query("TRUNCATE TABLE `table`")->execute();
$db2->query("TRUNCATE TABLE `table`")->execute();

Репликация

http://ruhighload.com/post/Как настроить MySQL Master-Slave репликацию

Подскажите как синхронизировать две таблицы из двух разных mysql баз автоматически с помощью php.

Лучше без PHP, а нативными средствами мастер-мастер репликации MySQL.

Спасибо большое за ответы

не пояснил - «двух разных mysql» на одном сервере или на разных?

я бы еще глянул на https://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/federated-storage-engine.html или на https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/merge-storage-engine.html

http://www.mysql.ru/docs/man/Replication_HOWTO.html Не плохая статья, прочитай