tar --delete

В FileRoller это делается без проблем.

http://fileroller.sourceforge.net/

А for console?

tar xzf file.tgz | tar --exclude="Чё надо удалить" czf file.tgz -

Типа концепт, ключи уже не помню на память.

Я просто извлёк, что надо, а потом удалил архив!

Читай info tar, там, в отличие от man tar, все расписанно подробно