А кто тут разбирается в потрохах МАТЕ?

Какой дистрибутив? Если Linux Mint Mate то Control Center -> Keyboard -> Layouts.

Код. Мне нужен код. На гитхабе у них есть репа, но там не так легко что-то гайти. Проект всё-таки большой.

Код. Мне нужен код

Что то я не сразу понял, можешь начать вот отсюда(я не знаком с устройством этих апплетов, поэтому подробней подсказать не могу):

https://github.com/mate-desktop/mate-control-center/blob/master/capplets/keyboard/mate-keyboard-properties-xkbltadd.c#L430

Можно просто выключить соответствующий плагин для настройки клавиатуры через реестр gsettings. Не пользуюсь MATE, но вроде раньше это делалось как-то так:

gsettings set org.mate.SettingsDaemon.plugins.keyboard active false

Теперь можно прописать свои настройки в /etc/X11/xorg.conf.d/10-xcb.conf, например

Section "InputClass"
	Identifier "system-keyboard"
	MatchIsKeyboard "on"
	Option "XkbModel" "pc105"
	Option "XkbLayout" "us,ru"
	Option "XkbVariant" ","
	Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle,compose:ralt"
EndSection

и Mate больше не будет их перезаписывать.

Как индикатор раскладки можно использовать gxkb или что-нибудь подобное.

Мне наоборот нужна более сложная логика переключения раскладок, так что логичней допилить МАТЕшный штатный апплет.

Мне наоборот нужна более сложная логика переключения раскладок

Ты имеешь ввиду тот апплет что переключает раскладки по hotkey? А то в вопросе было про то место где добавляются раскладки.

Оххх…

Вот ситуация: мне для счастья нужно 3 раскладки, но 99% времени я использую только 2. Переключаю раскладки я одной клавишей. И третья раскладка, которая нужна мне буквально 3-5 раз в год, путается под ногами. Удалять из списка раскладок и по необходимости добавлять – тоже лень.

Я хочу добавить возможность помечать раскладку в списке раскладок как неактивную чтобы переключалка раскладок её игнорировала. А по необходимости использовать третью редкую раскладку – зайти в список и сделать её снова активной.

Вот ситуация: мне для счастья нужно 3 раскладки

У меня также активные 2 раскладки, но очень редко нужны еще 2 которые на 90% совпадают с активными раскладками, так я для этого XCompose использую, уже на автомате получается набирать нужные символы.

Для твоего случая можешь через командную строку менять список раскладок. Вот так можно получить текущий список раскладок:

gsettings get org.mate.peripherals-keyboard-xkb.kbd layouts

А вот так изменить на другой:

gsettings set org.mate.peripherals-keyboard-xkb.kbd layouts "['us', 'ru']"

так я для этого XCompose использую

Хм. Я не думал в эту сторону. Третья раскладка действительно практически совпадает с одной из моих основных рабочих. Это любопытная мысль. Заодно и нормальные тире в тексте начну ставить или нахрена там этот XCompose нужен :)

Хм. Я не думал в эту сторону.

Вот например мой конфиг на умляуты для немецкого(я для включения режима XCompose использую правый Alt, который больше нигде не используется):

<Multi_key> <s> : "ß" U00DF
<Multi_key> <a> : "ä" U00E4
<Multi_key> <o> : "ö" U00F6
<Multi_key> <u> : "ü" U00FC
<Multi_key> <S> : "ẞ" U1E9E
<Multi_key> <A> : "Ä" U00C4
<Multi_key> <O> : "Ö" U00D6
<Multi_key> <U> : "Ü" U00DC

<Multi_key> <e> : "é" U00E9
<Multi_key> <E> : "É" U00C9

Даже добавил умляут для француской é, что можно было выпендриваться каноничным café.

В libmatekbd.

Акут, а не умляут.

Акут, а не умляут.

Да, французское é действительно называется акут, но так как я франзуский не учил то впервые вижу это слово. А вот в немецком оно называется именно умляут.

Прошу прощения, что снова придираюсь, но немецкий умляут — диакритик, отличный по облику от акута, в виде двух точек над буквой. Знак, выглядящий, как привычное для нас обозначение ударения, чаще всего называется акут (хотя он может упоминаться и под другими названиями, например, окси́я или острое ударение в греческом и церковно-славянском). Симметричный ему символ зовется грависом (соответственно, вари́я или тяжелое ударение).