Вот такая идея: что если для пакетов у которых нет/мало USE флагов понаписать ебилдов которые бы поставили бинарные пакеты из Debian'а? Например ставится Gimp, которому нужна zlib:
Calculating dependencies... done!
[ebuild N ] sys-libs/zlib-1.2.3 USE="-build" 0 kB [ebuild N ]
media-gfx/gimp-2.2.12 USE="jpeg mmx png python sse tiff -aalib -debug -doc -gimpprint -gtkhtml -hardened -lcms -mng -smp -svg -wmf" 0 kB
zlib особо выбирать нечего, а вот у гимпа полно опций. Значит ставим zlib из пакета, а потом компилим гимп. Как кто думает - будут ли проблемы с обновлениями и т.д.?