На сколько я понял проблема эта происходит из-за того, что эмулятор реализует HDD и FDD только на уровне сервиса BIOS int 13h (ECHS также не поддерживается - предел 500Mb). Этот эмулятор достаточно приметивный. Никакого IDE контролера там нет. Вопрос: можно ли и как (какие опции ядра?) заставить работать ядро с дисковыми устройствами только через int 13h?
Достучатся до диска нужно, что бы потом подмонтировать root fs.