История изменений

Файлы имели место быть, но не читались в соответствии с форматом.

Немного расплывчатое описание. Ты мог частично прочитать файл, а потом на одном из read() получить -1 в результате. ЛИБО ты всё успешно прочитал, но данные некорректны.
В первом случае следует смотреть в dmesg, там наверняка что-то появится. Во втором, особенно если файлы «очень старые», то очевидно, что имело место быть порча файлов из-за физической старости носителя. Если диски действительно «новые», стало быть, ты старые файлы на новый диск перенёс и не проверил целостность (у меня такое было, лол).

Кстати, я неоднократно здесь видел такие же истории.

Я неоднократно на ЛОР-е видел истории с 12309 (и я автор одной из них), у них одинаковые симптомы, но разная природа и причинно-следственные связи.

Файлы имели место быть, но не читались в соответствии с форматом.

Немного расплывчатое описание. Ты мог частично прочитать файл, а потом на одном из read() получить -1 в результате. ЛИБО ты всё успешно прочитал, но данные некорректны.
В первом случае следует смотреть в dmesg, там наверняка что-то появится. Во втором, особенно если файлы «очень старые», то очевидно, что имело место быть порча файлов из-за физической старости носителя. Если диски действительно «новые», стало быть, ты старые файлы на новый диск перенёс и не проверил целостность (у меня такое было, лол).

Кстати, я неоднократно здесь видел такие же истории.

Я неоднократно на ЛОР-е видел истории с 12309 (и я автор одной из них), у них одинаковые симпомы, но разная природа и причинно-следственные связи.