Зависит от того, что в ебилде. Если для у какого то USE-флага есть зависимость (или зависимости), то если его отключить, то зависимость пропадёт. И наоборот.
А по-русски: если USE-флаг отвечает за функционал, который реализован с использованием другого пакета, то это выливается в зависимость; если это внутренняя возможность пакета, - изменяются опции конфигурации, сборки или установки.
USE-флаг — это ключевое слово, включающее сведения о поддержке и зависимостях определенного понятия или функции. При определении какого-либо USE-флага, Portage узнает, что вам нужна поддержка соответствующей функции. Конечно, это также влияет на сведения о зависимостях пакета.