Vanila kernel 2.4.x on FC2

большие (конкретнее - ntpl)

А никак нельзя libc сказать, что потоки старые, а не ntpl?

Поставь последнее ядро от первой федоры.

Что касается vanilla - тоже будет нормально работать в большинстве программ, но преимущества nptl не почувствуется. Можешь поискать патч - я уже ссылку не помню.