что надежнее от атак Proftp или Samba

да на чем угодно, от рук в основном зависит, если уж совсем сильно печешься - смотри багтреки, где дырок меньше то и ставь.

Samba нормально работает. Только она не для защиты от атак предназначена, а для обмена файлами с виндовыми машинами, вот их и защищай (например, zonealarm + avp на каждую виндовую машину, я не ставлю AVP центр управления - у других могут быть другие программы).

В итоге, поледний год сеть стоит, еще не снесли.